A finales del siglo XIX se establecieron en San Juan del Puerto tres compañías de ferrocarril. La primera de ellas fue la de Buitrón (1870), que transportaba mineral desde la mina del mismo nombre, situada en Zalamea la Real, hasta el muelle que la propia compañía construyó en la margen derecha del río Tinto a su paso por nuestra localidad. De las instalaciones de este ferrocarril solo se conservan la base de una grúa y la empalizada, ambas situadas en dicho muelle, y el almacén.
Poco tiempo después, en 1875, llegó la Compañía Minera de Río Tinto, seguida de la Compañía de Ferrocarriles de Sevilla-Huelva en 1880, cuyas estaciones aún se conservan.
Todos estos vestigios de la historia ferroviaria de San Juan del Puerto se encuentran en el Área Natural Salinas y Muelle del Tinto.
Estación Sevilla- Huelva.
Construida a finales del s. XIX, de estilo neomudéjar, es uno de los mejores ejemplos de este tipo de edificios en la provincia. Guarda un gran parecido con la antigua estación de tren de Huelva y con otras pertenecientes a los municipios por donde transitaba este ferrocarril, ya que fueron proyectadas por el mismo arquitecto, Jaime Font Escolá, quien adquirió gran prestigio entre los años 50 y 80 del siglo XIX.
Aunque la concesión inicial de las obras la tenía la Compañía de los Ferrocarriles de Sevilla-Huelva, fue otra entidad, la M.Z.A. (Madrid a Zaragoza y Alicante) la encargada de las obras y de su apertura en 1880. Posteriormente, en 1941, la M.Z.A. desapareció como tal pasando a formar parte de Renfe.
Más recientemente la estación pasó a ser propiedad de Adif y, actualmente, se pretende su cesión al ayuntamiento para su rehabilitación, además de restablecer la actividad para la que fue construida y dotarla para diversos usos culturales.

Estación de Río Tinto.
Este edificio es uno de los que aún se conservan de la Compañía de Río Tinto, que construyó la línea de ferrocarril que iba desde las minas de las que recibió su nombre hasta el muelle de Huelva. Este tren minero, que también transportó viajeros, circuló por San Juan durante casi un siglo, desde 1875 hasta 1974.
La estación se construyó en el año 1900 a petición popular. Adosada al edificio que hoy se conserva se encontraban unas dependencias que constituían la vivienda del jefe de estación y su familia.