Gracias a su situación geográfica junto al río Tinto, San Juan del Puerto estuvo vinculado desde el principio con el Descubrimiento de América.
Para conmemorar esta hazaña cada año tiene lugar, en la festividad del 12 de octubre, una jornada de convivencia en el Muelle con actos culturales y deportivos, recreaciones teatrales, degustaciones de productos típicos, actuaciones musicales, paseos en barco y demás actividades náuticas, etc. Un evento imprescindible en la agenda del visitante.
Por ser el lugar donde se fraguó la gesta de Cristóbal Colón, el ámbito sectorizado de los Lugares Colombinos, que incluye parte de los municipios de Moguer, Palos de la Frontera, Huelva y la zona portuaria de San Juan del Puerto, ha sido catalogado como Bien de Interés Cultural en la tipología de Sitio Histórico.
Hay que destacar la vinculación familiar de Colón con nuestra localidad, ya que en el término municipal poseía unas tierras, cercanas a la margen derecha del Tinto, su cuñada Briolanja Muñiz de Perestrello, esposa de Miguel Muliart. Debido a la buena relación familiar, existe incluso la hipótesis de que en su casa se alojara el hijo de Colón, Diego, mientras su padre viajaba por primera vez al Nuevo Mundo.
Así, San Juan estuvo desde el principio vinculado a la gesta colombina. La situación geográfica y su enjundia marinera colocaron desde el comienzo a los vecinos del lugar en el camino hacia las Indias. De nuestra localidad partieron varios marinos como fueron el citado Miguel Muliart, Mateo Morales (1493) y Alonso de la Calle (1502); aunque, con toda probabilidad, la tradición marinera motivó que otros vecinos de San Juan participaran también en estos primeros viajes al Nuevo Mundo.
Dada la importancia de los Lugares Colombinos como “museos vivos” de la historia, actualmente se está apostando por un proyecto de recuperación de la navegabilidad del río Tinto, su transformación en corredor natural y la puesta en valor de sus puertos.